制药工程学院目前拥有微生物与生化药学、药物化学（绿色合成与工艺改进）、应用化学（化妆品原料及功效评价）等3个学科方向。依托浙江省特色原料药及制剂质量提升应用技术协同创新中心、宁波市重点实验室、制药技术研究服务平台等科研平台，取了较好的科研业绩。近三年来，获浙江省科技进步三等奖和中华中医药学会科学技术奖三等奖各1项，获批厅级以上纵向和横向科研共40余项，其中国家自然科学基金1项，省部级项目12项，宁波市自然基金5项，主持宁波市科技局2025重大创新项目1项（资助总金额400万元）。获批厅级以上教研项目10余项，其中省部级项目4项，完成国家专业教学标准制订和国家职业技能标准各1项。发表教科研论文100余篇，其中核心论文24篇，SCI收录25篇，授权发明专利4项，出版学术专著2部，主编教材4本。